Au début du XIIè siècle, le fief de Cugy devint possession des seigneur d'Estavayer dont une branche prendra le nom de seigneurs de "Cuzei". De 1142 à 1230, le domaine de "Cuzei" appartiendra à l'abbaye cistercienne de Montheron ou de Théla, près de Lausanne. Ces frères religieux viennent donc s'établir à Cugy pour y cultiver la terre. Mais, leur situation se détériore de plus en plus, les moines vendent en 1230 à la maison d'Hauterive "la grange de Cugié" pour 5000 sols lausannois.
Dès 1329, Conon, coseigneur d'Estavayer, cède à son neveu, Guillaume de Montagny, les droits de souveraineté sur la majorie ou la circonscription de Cugy-Vesin. C'est ainsi que Cugy passa sous la suzeraineté des barons de Montagny.
Après l'extinction de cette dynastie, dès 1536, Cugy passera sous l'administration de Fribourg qui l'incorpora au baillage d'Estavayer. Dès lors, les seigneurs ou baillis exercèrent l'autorité déléguée de Fribourg. Six familles vont se succéder: dans l'ordre chronologique, les Guillaume d'Avenches, les de Glâne, les Bonstetten, les Féguely, les Lanthen-Heid et enfin les Reyff.
Les seigneurs de cette dernière famille possédaient à Cugy deux château qui existent encore: celui de "La Cour" aujourd'hui propriété privée, qui abrita, à la fin du XVIIIè siècle, un collège, sous la direction de son fondateur, le Père Nicolas Lhoste (1767-1849), religieux expulsé de l'abbaye de Bellelay et l'autre "Le Château", vendu en 1851 à la commune de Cugy et qui héberge actuellement l'école primaire.
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