La famille de Saconay, la plus ancienne et la plus puissante du Pays de Gex, possédait des fiefs au Grand-Saconnex. Deux pierres tombales de leur caveau du XVe siècle, perdues à la Révolution et retrouvées, comportent les armoiries de la maison de Saconay. Ce sont ces armes que la commune releva en 1914.
Les terres de Grand-Saconnex appartenaient au Moyen Age à de nombreux seigneurs dont les fiefs formaient une mosaique compliquée. Le plus grand nombre appartenait à l'évêque et au chapitre de Genève, mais beaucoup de fiefs relevaient également de la noblesse du bailliage de Gex, au sein de laquelle les Saconay jouissaient dune place prédominante. Ceux-ci possédaient des biens dans maintes localités: à Saconnex-d'Arve où ils étaient propriétaires d'un château, à Pregny, à Vernier et jusque dans le Pays de Vaud.
Au Grand-Saconnex, ils résidaient dans un château construit à côté de l'église qui jadis en faisait partie. C'est près de là que se déroula un épisode de la guerre de Bourgogne en 1476. Après sa défaite de Morat, le duc craignit que Yolande de France, duchesse de Savoie, ne ralliât le camp de son frère, le roi de France. Devant son refus de séjourner en Bourgogne, il la fit enlever sous le Grand-Saconnex et la séquestra dans ses terres. Averti secrètement, Louis Xl la délivra après quatre mois de détention.
En 1589, les troupes de Charles-Emmanuel 1er se heurtèrent aux Genevois dans le Pays de Gex et incendièrent les maisons du Grand-Saconnex. Mais les troupes de la République ripostèrent. Ils enlevèrent Versoix et occupèrent Gex. Mais jugeant ces places fortes trop dangereuses au cas où elles tomberaient à nouveau entre les mains savoyardes, les Genevois détruisirent en 1590une dizaine de châteaux, parmi lesquels figuraient ceux de Gex et du Grand-Saconnex. Le Traité de Lyon de 1601 réunit le Pays de Gex, avec le Grand-Saconnex, à la France.
Au Moyen Age, les paysans s'adonnaient principalement à l'élevage du bétail et à la culture des céréales et de la vigne. Mais ils cultivaient aussi le pastel, plante précieuse pour les teinturiers genevois car, avant la découverte de l'Amérique, elle donnait la seule teinte bleue solide pour les textiles,
Dès 1760, le Pays de Gex releva d'abord du département de l'Ain, puis fut rattaché è celui du Léman. Après qu'il fut question d'annexer tout le Pays de Gex au canton de Genève, contre quoi se défendit âprement Talleyrand, le Traité de Paris de 1819 accorda è Genève les six communes gessiennes indispensables poor réunir Genève à la Suisse. Le Grand-Saconnex était l'une d'elles.
Le castel néo-médiéval fut construit vers 1880 pour Henri Pasteur sur l’emplacement de l’ancienne maison forte des nobles de Nant.
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