In die Zeit des ausgehenden ersten Jahrtausends ist die Gründung der Löwenburg anzusetzen. Zwar fehlen schriftliche Überlieferungen. Aber zahlreiche Bodenfunde, die eine wissenschaftliche Grabung zutage gefördert hat, belegen das ungefähre Baudatum. Die erste Burg war nur ein einfacher Holzbau. Erst etwa zweihundert Jahre später wurde er durch ein Steinhaus ersetzt. Erkenntnisse, die auf den Kreuzzügen erworben wurden, veranlassten den Neubau. Hinzu kam ein gesteigertes Lebensgefühl des Adels, verbunden mit einem Standes- und Repräsentationsbedürfnis, das sich gerne in einer steinernen Herrenburg manifestierte.
Das Holzhaus und sein fester Nachfolger befanden sich in der Nähe eines alten Passübergangs. Aus dem Elsass führte der Weg über Blochmont ins Lützeltal, an der Löwenburg vorbei über Roggenburg und Movelier, wo er bei Soyhières die Birs erreichte. Damit war der Zugang zum Sornegau erreicht, wie das Delsberger Becken damals genannt wurde. Wenn sich an dieser Strasse auch verschiedene Burgen erhoben, hatten sie doch keine überragende militärisch-strategische Bedeutung. Sie erleichterten den Herren des Gebietes, die oft weit weg wohnten, den Kontakt mit den Untertanen ihres Streubesitzes.
Als Bauherren der Löwenburg kommen die Mitglieder einer Sippe in Betracht, die sich damals im elsässischen Steinbrunn als führendes Geschlecht nachweisen lässt. Im Zug der Landnahme des sundgauischen Adels im Jura hatten diese Steinbrunner mit grosser Wahrscheinlichkeit die erste Holzburg an der beschriebenen Stelle errichtet. Von der grossen Familie trennte sich im 11. Jahrhundert ein Zweig ab, der sich später nach der Burg Löwenberg nannte. Er war begütert im unteren Largtal im Sundgau, in der Gegend von Waldighofen. Sein geschlossener Besitz befand sich aber rund um die Löwenburg und umfasste ungefähr sieben Quadratkilometer. Bei der Burg unterhielt er einen ansehnlichen Gutsbetrieb, der sich zur Hauptsache der Viehwirtschaft widmete. Hinzu kam ein beträchtlicher Güterkomplex bei Movelier. Den Schlossbesitzern stand zudem ein Teil des Patronatsrechts an der Kirche von Roggenburg zu.
Trotz der geographischen Zerrissenheit dieses Besitzes bildete die Löwenburg das Zentrum der Verwaltung. Von ihr aus wurden die Güter im Pfirterland, im Lützeltal und im Sornegau überwacht und deren Erträgnisse eingezogen.
Ursprünglich waren die Löwenberger ein freies und unabhängiges Geschlecht gewesen. Gegenüber den mächtigen Grafenfamilien in der Umgebung befanden sie sich aber in einer eher ungemütlichen Lage. Sie suchten darum Anlehnung an eine der grossen Familien. Als solche bot sich ihnen das Grafenhaus von Pfirt an. Die Herren von Löwenberg traten in dessen Dienste und fanden bei ihm Rückhalt und Schutz.. Aber nur allzu rasch gerieten sie in dessen Abhängigkeit. Sie wurden Vasallen des mächtigen Hauses und nahmen ihren eigenen Besitz schliesslich von den Pfirter Grafen zu Lehen. Als die Erbtochter des Hauses Pfirt sich mit einem habsburger verehelichte und diesem ihren gesamten Besitz als Mitgift zubrachte, war Österreich der Lehnsherr der Herren von Löwenberg geworden. Allerdings war der Pfirter Besitz schon 1271 käuflich vom Bischof von Basel erworben worden, und darin eingeschlossen war auch die Löwenburg. Somit war der Fürstbischof zum Oberlehnsherrn über das ganze Gebiet aufgerückt.
Beim Erdbeben von 1356 erlitt die Löwenburg beträchtliche Schäden. Der Bergfried war eingestürzt und die Zisterne verschüttet. Bald nach der Wiederherstellung vermachte der letzte Besitzer die Burg mit dem ganzen Umschwung seinem Enkel, Johann Münch von Münchenstein. Damit setzte die Epoche der Münch auf der Löwenburg ein.
Diese Basler Familie hatte sich schon früh in den Dienst des Bischofs gestellt und war in der ersten Hälfte des 13. Jahrhunderts in den Adelsstand aufgestiegen. Um 1270 erbauten die Münch auf dem Eigen der Grafen von Pfirt ihr Schloss über dem Dorf Geckingen im vorderen Birstal, nannten es Münchenstein und übertrugen den Namen auch auf die Ortschaft. In der Folge übernahmen sie meist als Lehen verschiedene Besitzungen, unter anderem auch die Landeskrone und die Feste Angenstein. Vorher hatten sie in Basel verschiedene Ämter an sich gebracht. Später nahmen sie Partei für ihren wichtigsten Lehnsherrn Habsburg, wandten der Stadt den Rücken und sanken allmählich auf die Stufe unbedeutender Landjunker. Da sie mit der politischen und wirtschaftlichen Entwicklung nicht Schritt zu halten vermochten, gerieten sich auch finanziell in eine bedrängte Lage. Von ihren Gütern mussten sie allmählich immer mehr veräussern. Ungünstig wirkte sich für sie die missliche Lage zwischen den Macht hungrigen Städten Basel und Solothurn aus. Sowohl ihre Stammfeste Münchenstein als auch die Löwenburg wurden von Solothurner Freischärlern im 15. Jahrhundert eingenommen und besetzt. Wohl entschuldigte sich die Aarestadt wegen dieses Handstreichs bei Hans Münch, traf aber keine Anstalten, die Löwenburg zu räumen. Erst auf Vermittlung des Bischofs bemühte sich die Solothurner Obrigkeit dazu, ihre Leute zurück zurufen. Weitere, Teils kriegerische Auseinandersetzungen brachten den Münch zwar wenig territorialen Verlust, stürzten sie aber in gerichtliche Händel, die Unsummen verschlangen. Immer mehr Güter mussten verpfändet werden. Besitzungen in Muttenz und sogar die Stammfeste Münchenstein wurden an Basel verkauft. Doch der Erlös reichte nicht aus, um die Löwenburg der Familie zu erhalten. Basel hätte diesen Besitz gerne erworben. Aber der Gegensatz zwischen Stadt und Bischof im Vorfeld der Reformation und die Abneigung der Münch gegen die Stadtbürger bevorteilten andere Kaufinteressenten. Ein solcher fand sich im benachbarten Kloster Lützel.
1526 erwarb der Konvent Burg und Herrschaft. Österreich verzichtete zugunsten der Mönche auf seine Lehnshoheit. Damit gelangte das Kloster zu einer beträchtlichen Ausweitung und Abrundung seines Besitzes. In der Folge verwendet es viel Geld und Arbeit auf den Ausbau der Landwirtschaftsgebäude im Bereich der Löwenburg. Es errichtete 1590 eine Kirche mit angebautem Wohntrakt für den Abt, den er hauptsächlich zur Jagdzeit oft bewohnte. Auch diente dieser Komplex dem Konvent als Zufluchtsort. Aber über hundert Jahre lang musste sich das Kloster mit dem Bischof wegen verschiedener Rechte herumschlagen. Die Burg geriet allmählich in Zerfall.
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