Die alte Bergkirche St. Othmar musste zu Anfang des Jahres 1676 abgebrochen werden, nachdem dieser mehrmals umgebaute und erweiterte Bau anlässlich des Erdbebens vom 8.Dezember 1674 schadhaft geworden war. Die Stadt Schaffhausen hatte als Landesherrin ihre Zustimmung erteilt und gleichzeitig als Vertreter Johann Jakob Ziegler, Landvogt zu Neunkirch und Junker Heinrich Peyer, als Stadtbaumeister, in das Baukomitee entsandt. Dem letzteren wurde die Aufgabe des leitenden Architekten übertragen.
Im Januar 1676 hatte die Gemeinde das Gesuch an den Rat zu Schaffhausen gerichtet, es möge dem Junker Stadtbaumeister die Leitung der bevorstehenden Bauarbeiten übertragen werden. In der Sitzung vom 31.Januar 1676 entsprachen Bürgermeister und Räte dem Gesuch. Innert kurzer Zeit müssen die Baupläne vorelegen haben, denn die Arbeiten wurden unverzüglich begonnen und in aussergewöhnlich raschen Etappen vollendet. Am 15. März desselben Jahres fand die Grundsteinlegung statt; bereits am 6.Juni erfolgte das Aufrichtefest und am 5.November 1676 wurde die vollendete Kirche eingeweiht.
Die Bauarbeiten waren trotz der kurzen Zeit nicht reibungslos abgewickelt worden. Dies nicht etwa in bautechnischer Hinsicht, der Kirchenbau wurde durch die Politik überschattet. Noch vor dem Wilchinger Handel zeigten sich hier die Symptome der Unzufriedenheit. Als Inhaberin der politischen Rechte über die Gemeinde Wilchingen gestattete sich die Stadt Schaffhausen, bei den Bauarbeiten mitzusprechen. Einige Einwohner offenbar hielten ihren Unmut nicht zurück und äusserten sich abschätzig über diese Tatsache. Die Regierung antwortete mit schwerer Bestrafung der fraglichen Wilchinger. Nicht genug damit: Kaum waren wie bei allen Kirchbauten üblich die Wappen "Meiner Gnädigen Herren", das Standeszeichen, innerhalb und ausserhalb der Kirche angebracht worden, fand man diese beschmutzt und mit Unrat verschmiert. Die Übeltäter konnten allerdings nicht gefunden werden. So wurde die Gemeinde durch Ratsbeschluss dazu verurteilt, die beiden Wappen auf eigene Kosten wieder herzustellen zu lassen.
An der Aufrichtung des Baues waren folgende Handwerker und Künstler mitbeteiligt: Als Steinmetzen wirkten Jakob Bringolf und Hans Jakob Heimlicher von Schaffhausen, als Maurermeister Hans und Ulrich Peter und Jakob Rüeger von Wilchingen. Die Zimmerarbeiten wurden von Clewi Bauer, Jakob Rüeger und Hans Hallauer ausgeführt. Die Schreinerarbeiten lagen in den Händen von Hans Küenler von Hallau, Hans Jakob Pfeiffer von Neunkirch, Jerg Walch von Wilchingen und Hans Brög von Schaffhausen.
Die Gesamtkosten des Kirchenbaues beliefen sich auf 4200 Gulden, 10 Schilling und 9 Heller. Davon hatte die Gemeinde Wilchingen 3156 Gulden, 23 Schilling und 1 Heller, die mitbeteiligte Gemeinde Trasadingen 1055 Gulden 17 Schilling und 8 Heller zu bezahlen. Ein Teil der Baukosten wurde durch eine Sammlung eingebracht, an der sich mit schönen Summen der Bischof von Konstanz und der Abt von Rheinau beteiligten.
Anders als die vorhergehende Kirche erlebte das neue Gotteshaus keine zu weitgehenden Veränderungen. Allerdings bestand kein vertraglich festgesetzter Verteiler für die Unterhaltskosten zwischen Wilchingen und Trasadingen. Nach etlichen Streitigkeiten löste der Rat zu Schaffhausen auch dieses Problem. 1842 wurde das alte Schindeldach des Turmes durch Ziegel ersetzt. Gleichzeitig wurden die Eckquader des Turmes, deren Bossen sichtbar gewesen waren, durch den Maurermeister Markus Müller von Trasadingen entfernt oder zurückgearbeitet. 1872-73 fertigte der Glasmaler Carl Wehrli aus Zürich neue Fensterscheiben an. (stothmar.wilchingen.ch)
