Bis zum Beginn der Karolingerzeit waren die Elsassgrafen Besitzer des Elsgaus, der damals nur dünn besiedelt war und Kolonisatoren ein verlockendes Ziel bot. Bei der Teilung des Königreichs Lothringen 870 kam die Ajoie unter die Herrschaft Ludwigs des Deutschen. Allmählich rodeten kleinere Adelsfamilien im ganzen Gebiet zerstreut unbebautes Land und errichteten ihre einfachen Burgen aus Holzwerk und aufgeschütteter Erde, die erst in späterer Zeit zu festungsähnlichen Behausungen aus Stein erweitert wurden.
Am Fuss des Burghügels von Pruntrut ist seit dem frühen Mittelalter ein königlicher Dinghof nachweisbar. Darin hauste eine lokale Adelsfamilie und kümmerte sich mehr um die eigenen Geschäfte als um jene des fernen Königs. Dieses Hofes bemächtigten sich um 1150 die Grafen von Mömpelgard. Auf dem Hügel errichteten sie um 1250 eine starke Burganlage, von der heute noch der runde Wachturm erhalten ist. Bei der Teilung des Grafenhauses in den Zweig von Pfirt gelangte diese Familie für ein Jahrhundert in den Besitz der Herrschaft und der Burg. Als aber die beiden Zweige sich wieder vereinigten, brach unter den Verwandten ein Streit um Güter und Rechte aus. Daran beteiligte sich auch ein dritter hoher Herr: der Bischof von Basel.
Auf dem Gebiet des Elsgaus, der damals eine grössere Ausdehnung hatte als heute, waren geistliche Stiftungen errichtet worden. Als Eigenklöster schenkte sie nebst verschiedenen anderen Gütern Rudolf III, der letzte König von Hochburgund, dem Bischof von Basel. Aus dem Familienbesitz der Bischöfe aus den Häusern von Asuel und Neuenburg waren der Basler Kirche weitere Güter zugefallen, so dass nun der Bischof der Rheinstadt fast die ganze Ajoie besass. Die Erhebung zum Reichsführer machte ihn für die adligen Familien der Umgebung zu einer politischen Kraft, die man nicht gefahrlos übergehen konnte.
Bei so vielen rivalisierenden Herren konnten offene Feindseligkeiten nicht ausbleiben. Ein Schiedsgericht sprach 1270 dem geistlichen Herren das ganze Herrschaftsgebiet zu. Damit war aber der Streit noch nicht beigelegt. Erst zehn Jahre später verzichteten die Grafen von Pfirt gegen eine Entschädigungssumme auf ihre Ansprüche und Rechte. Ein weiterer Verwandter, Reinhold von Burgund, wollte die Abmachung jedoch nicht anerkennen und besetzte die am Fuss der Burg allmählich entstandene befestigte Stadt. Der Bischof rief König Rudolf von Habsburg zu Hilfe, der sechs Wochen lang das Städtchen belagerte und aushungerte. Reinhold musste sich ergeben und 1283 für ewige Zeiten auf Schloss und Stadt Pruntrut samt allen Rechten, Schutzherrschaften und Vogteien zugunsten des Bischofs verzichten. Von diesem Zeitpunkt an können die Basler Bischöfe als alleinige Besitzer des Elsgaus mit dem Herrschaftszentren Pruntrut betrachtet werden. Sie residierten auch oft auf dem Schloss, das allmählich zur fürstlichen Residenz aufstieg.
Die Bischöfe waren meistens sehr auf ihre fürstliche Standesherrrlichkeit und Prachtenentfaltung bedacht, die ungeheure Summen verschlangen. 1386 musste Bischof Imer von Ramstein die ganze Ajoie mit dem Schloss und Städtchen Pruntrut um 11000 Gulden an den Grafen Etienne von Mömpelgard verkaufen. Allerdings behielt er sich das Rückkaufsrecht vor. Aber erst 1461 konnte Bischof Johann von Venningen das Land um die doppelte Summe von den Grafen zurückerwerben.
Als Basel die Reformation angenommen hatte, verlegten sich die Bischöfe ihren Sitz endgültig nach Pruntrut. Das Bistum besass keine Kathedrale mehr, und die Domherren residierten im breisgauischen Freiburg, bis in Arlesheim ein neuer Dom und Wohnhäuser für das Kapitel erbaut waren. Residenz des Bischofs bleib aber auch dann Pruntrut. Das Städtchen wurde von seinem Herren mit Kirchen, Klöstern und Schulen ausgestattet und entwickelte sich mit seinen geistlichen und weltlichen Beamten zu einem beachtlichen Kulturzentrum. Verschiedene Gebäulichkeiten zeugen noch heute vom Reichtum und Schönheitssinn, aber auch von der Wohltätigkeit der Adelsschicht im Dienst des geistlichen Hofes. Dieses ländliche Idyll wurde im Dreissigjährigen Krieg vom Einmarsch der Schweden brutal unterbrochen. Der Fürstbischof flüchtete, verschiedene Ortschaften wurden dem Erdboden gleichgemacht, das Land ausgeplündert, Pruntrut belagert und besetzt. Riesige Kriegsabgaben zerstörten alles Vermögen. Erst nach dem Friedensabschluss kehrte allmählich die alte Behäbigkeit zurück.
Beim Einmarsch der französischen Revolutionstruppen 1792 verliess der letzte residierende Fürstbischof Josef Sigismund von Roggenbach Schloss und Stadt Pruntrut. Mit seinem Auszug ging eine ganze Epoche der Geschichte dieser Landschaft zu Ende. Das restaurierte Schloss dient heute Verwaltungs- und Gerichtsbehörden.
Der Wachturm (La tour Réfous)
Vom Wachturm aus
Die Stadt vom Wachturm aus
Aussicht vom Wachturm
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