Les origines de la ville remontent jusqu’au 12e siècle. Autrefois, elle portait un nom allemand Wittinegowe (le pré de Vitek). La famille aristocrate de Vitek entama les travaux de fortifications vers 1300. Douves, château fort, terrain marécageux rendirent Trebon presque imprenable. Au 14e siècle, sous la dynastie des seigneurs Rozmberk, elle devint la ville royale, malheureusement, les guerres hussites stoppèrent son essor économique. En effet, une crise sociale naît à la fin du siècle lorsque le mouvement religieux réformiste Les Hussites réagit à la corruption de l’Eglise médiévale.
Le personnage central de la ville et même de la région est JAKUB KRCIN de JELCAN le « réformateur immortel » au service de la famille aristocrate Rozmberk. C’est lui qui fut à l’origine des vastes réformes économiques engagées pendant le 16e siècle : Il conçut un système d’étangs aménagés dans la région pour animer le marché et attirer les clients. Le principal poisson élevé est la carpe - le plat de Noël tchèque traditionnel. Krcin, complètement dévoué aux seigneurs, prouva sa fidélité en fondant le plus grand étang de Bohême - celui de Rozmberk. Parmi les autres étangs les plus connus, il faut citer Svet (Le Monde) ou Nadeje (L’Espoir).
Cette ville fut fondée autrefois sur la Nezarka. Le 13ème siècle vit se dresser à cette endroit le célèbre château fort de la famille Vitkovci, érigé sur l’emplacement de l’ancienne agglomération fortifiée slave. Le château fut remanié à plusieurs reprise : le château Renaissance avec trois tours subsiste. En outre Jindrichuv Hradec possède des architectures sacrées anciennes et des dizaines de maisons patriciennes Renaissance et Baroque sur la grande place et dans les rues attenantes. Une curiosité historique témoigne du niveau culturel élevé des habitant de cette ville : le Journal de Jindrichuv Hradec de 1495 représente le plus ancien journal manuscrit rédigé en langue tchèque.